连锁加盟总部和加盟商是利益相连的伙伴关系，可以说是同坐一条船，但是双方发生冲突纠纷是不可避免的。矛盾纠纷具有破坏性，会消耗双方的时间和精力，但是得到恰当的解决，对双方的利益的是起到促进的作用。
一、规避矛盾纠纷的原则
矛盾纠纷具有破坏性，会消耗双方的时间和精力，如果得不到妥善解决，会恶化双方的合作关系，还有可能扩散到整个连锁加盟体系，并且威胁到整个连锁加盟体系的健康发展。因此，及时处理好双方出现的矛盾纠纷，特别是采取协商方式处理，是加盟商从一开始加盟就必须重视的。毕竟，一旦矛盾纠纷到了必须通过诉讼途径解决的时候，双方就都彻底输了。
1、摆正位置
要处理好加盟商与连锁加盟总部的关系，首先要摆正各自的位置。加盟商应该明白，作为整个连锁加盟体系中的一员，认真遵守连锁加盟总部制定的规定，共同维护良性运转是双方的共同义务，也是双方建立良好关系的前提。同时，加盟商应当注意不可过分依赖连锁加盟总部的支持和帮助。因为加盟店是独立的法人单位，加盟商不是连锁加盟总部的雇员，自己的生意还是靠自己经营。
2、按合同约定交纳连锁经营权使用费
有些加盟商拒绝交纳连锁经营权使用费，的确是因为连锁加盟总部为加盟商服务不周引发的，如果真的遇到了这样的问题，可以拿出证据向连锁加盟总部说明不交连锁经营权使用费的理由。
有些加盟商不交连锁经营权使用费，是因为对交纳连锁权使用费的准备不足，突然要拿出一笔费用，当然会觉得有压力。
这笔钱到底要不要交？如果该交，就要坦然地履行交费责任。
加盟商按时交纳连锁经营权使用费是与连锁加盟总部建立良好关系的基础。
3、实现有效沟通
实现有效沟通的前提是，加盟商和连锁加盟总部双方有共同的价值观、有共同的远景规划，能够互相了解并理解。
实现有效沟通的基础是，加盟的项目有良好的盈利模式、加盟的品牌具有一定价值，双方签署严谨专业的连锁加盟合同，合同的重点内容能维护双方的核心利益，连锁加盟总部能提供完善、科学、实用的运营系统手册，能提供相应的培训、支持、指导，双方均能严格履行合同中规定的义务。
（1）、沟通的目的。不断深入认识连锁加盟品牌的经营理念和经营文化，在双赢的基础上，规范加盟店的经营活动，共同提高连锁加盟品牌的盈利能力，改善加盟商同连锁加盟总部的关系。
（2）、沟通的内容。通常，加盟商与连锁加盟总部沟通交流的内容主要有：品牌文化理念、专业技术、经营管理指导、市场营销协作与创新、连锁加盟工作方式、连锁加盟流程、服务模式创新、规范化管理（人、财、物）、信息化管理等。加盟商应尽量做到与连锁加盟总部高层管理人员定期进行沟通，交流经营、赢利等经验。
（3）、沟通的方式。成熟的连锁加盟总部一般有多种沟通渠道和相应的制度体系，主动保持与所有加盟商的正常沟通，比如：传真、电话、短信、走访、内部刊物、网络、交流会、培训、娱乐联谊活动、参观考察等。
（4）、沟通的原则。由于每个人的性格、经历、沟通习惯与方式不同，往往在沟通上造成误解或障碍。因此，加盟商与连锁加盟总部在沟通时应该遵循如下原则：善于倾听、态度诚恳、换位思考、坚持原则。
二、以“情感因素”处理双方的关系
解决连锁经营中的纠纷时，对待非原则性问题最不伤元气的处理方式是利用“情感元素”。
中国是一个人情味很浓的社会，连锁加盟总部在处理与加盟商的关系时完全理性化方式未必是较好的选择，但是，“先做人后做事”同样适用于连锁经营关系的处理。
因此，加盟商应考虑多与连锁加盟总部各层人员保持交流与沟通，不能碰到任何问题都诉之连锁加盟总部高层，甚至消极对抗乃至通过法律途径解决。如果双方纠纷难以避免，较好用情感方式降低纠纷程度，不失为维护加盟商与连锁加盟总部长久合作关系的良药。中国是一个讲究人际关系的社会，所以加盟商要注意人与人之间的情感联络是必不可少的。
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